[D66] [JD: 126] China wiste corona-onderzoek

[R.O.]

nrc.nl
<https://www.nrc.nl/nieuws/2021/06/28/china-wiste-corona-onderzoek-a4049054>



  China wiste corona-onderzoek

Sander Voormolen
6-8 minutes
------------------------------------------------------------------------

Chinese onderzoekers van de Wuhan-universiteit hebben in juni 2020
vroege genetische codes van het SARS-CoV-2 coronavirus laten verwijderen
uit de internationale NCBI-databank. De Amerikaanse evolutiebioloog
Jesse Bloom van het Fred Hutchinson Cancer Research Center in Seattle
haalde ze echter met een uitgekiende zoektocht op cloud-servers van
Google weer bijna allemaal boven water. Volgens Bloom zijn dit soort
vroege genetische sequenties cruciaal voor het onderzoek naar de
oorsprong van het coronavirus SARS-CoV-2. Vorige week publiceerde hij
zijn detectivewerk online in een preprint
<https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.06.18.449051v1>, een
wetenschappelijke voorpublicatie.

Hij kan het niet bewijzen, maar Bloom denkt dat de gegevens doelbewust
zijn weggehaald, op last van de Chinese overheid. „Het lijkt erop dat de
sequenties gewist zijn om hun bestaan te verhullen”, schrijft Bloom in
zijn preprint, „Er is geen plausibele wetenschappelijke reden voor.” En
in een uitleg op Twitter gaat hij nog verder: „Het feit dat deze dataset
is gewist, moet ons sceptisch maken over of wel alle andere relevante
vroege Wuhan-sequenties zijn gedeeld.”


    Opruiend

Blooms onderzoek levert geen nieuwe aanwijzingen op over de vraag of
Covid-19 ontstond door een natuurlijk overspringend virus of door een
lek vanuit een laboratorium. Toch zet zijn conclusie dat er data
verborgen gehouden worden het Amerikaanse debat over de oorsprong van
Covid-19 weer verder op scherp. Zeker nadat president Biden zijn
veiligheidsdiensten opdracht heeft gegeven alle informatie hierover te
verzamelen.

Collega-wetenschappers reageren verdeeld. „Opruiend” en „niets nieuws”,
zei viroloog Robert Garry
<https://https//www.washingtonpost.com/health/coronavirus-origin-nih-gene-sequence-deletion/2021/06/23/186e87d0-d437-11eb-a53a-3b5450fdca7a_story.html>
van Tufte University in /The Washington Post/. Anderen vielen Bloom
juist bij, zoals van epidemioloog Ian Lipkin van Columbia University:
„Het terugtrekken van sequentiedata is ongehoord en moet hersteld worden.”

Dat zijn preprint veel stof zou doen opwaaien, had Bloom wel verwacht:
„Het onderzoek naar het vroegste begin en verspreiding van SARS-CoV-2 is
zo’n heet hangijzer. Ik geniet er niet van om betrokken te raken in
haatdragende debatten, maar ik zie het als mijn plicht als wetenschapper
om zelfs het kleinste snippertje nieuwe informatie op te sporen.”

Jesse Bloom ontdekte dat er iets mis was met de database van genetische
sequenties. Foto: HHMI/Stephen Brashear

Bloom was in mei van dit jaar een van de ondertekenaars van een open
brief <https://science.sciencemag.org/content/372/6543/694.1> in
/Science/ waarin wetenschappers oproepen tot een diepgravender onderzoek
naar het ontstaan van Covid-19. Dat was nadat een missie van de
Wereldgezondheidsorganisatie (WHO) naar /ground zero/ in Wuhan geen
concrete aanwijzingen opleverde over de oorsprong van het virus. Bloom
vindt dat iedere steen gekeerd moet worden in het onderzoek naar de
bron, en ontdekte dat hij daaraan zelf vanuit Seattle ook kan bijdragen.


    241 monsters

Dit voorjaar probeerde hij genetische analyses in het WHO-rapport over
de oorsprong van Covid-19 te verifiëren, toen hij stuitte op een
Canadese publicatie met in de bijlage een verwijzing naar een Chinese
dataset, die tot dusver niet veel onder de aandacht was gekomen. Hij
besloot er eens in te duiken. Al snel ontdekte hij dat de gegevens van
‘projectnummer PRNJA612766’, niet meer bestonden in de databank van
NCBI, waar ze ooit wel gedeponeerd waren.

Nader onderzoek wees uit dat het ging om een dataset van 241 monsters,
aangelegd door onderzoekers van de universiteit van Wuhan, die het
genetische materiaal van het virus gebruikt hadden voor het ontwikkelen
van een gevoeliger en nauwkeuriger genetische test om SARS-CoV-2 te
kunnen identificeren. Ze hadden er zelfs over gepubliceerd
<https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/smll.202002169> in het
wetenschappelijke tijdschrift /Small/, echter zonder verwijzing naar de
onderliggende gegevens in de databank.

Het bleek te gaan om gedeeltelijke genetische sequenties van het
coronavirus, die het spike-gen en nog een paar andere belangrijke
virusgenen omvatten. Wat echter Blooms speciale aandacht trok, was dat
de monsters dateerden uit januari en februari 2020, toen de
virusuitbraak in Wuhan nog vers was.

Bloom denkt dat zijn graafwerk nieuw licht werpt op de oorsprong van de
pandemie. „ Je hoeft niet over de allereerste sequenties te beschikken
om toch iets te kunnen herleiden van hoe het eerste virus bij mensen
eruit gezien moet hebben”, zegt hij.


    Genetische letter T

Bloom verwerkte de verdwenen sequenties in een genetische stamboom en
daarbij zag hij dat het coronavirus in tenminste één monster sterk lijkt
op alle verwante coronavirussen van vleermuizen. Dat virus heeft de
genetische letter T op plaats 29.095 van het virusgenoom. De bekende
vroege virussequenties uit Wuhan zijn meestal van patiënten die een link
hadden met de Huanan-markt in de stad. Maar die virussen hebben op plek
29.095 in het genoom de letter C. „De vraag is wanneer de T een C werd”,
zegt Bloom, „Het feit dat een vroeg virus in Wuhan een T had, suggereert
dat ook de vroege voorouder van SARS-CoV-2 nog een T gehad moet hebben,
die veranderde in een C /nadat/ het virus op mensen was overgesprongen.”

De beheerder van de NCBI-databank heeft bevestigd dat de dataset die in
maart 2020 werd aangeleverd, drie maanden later „op verzoek van de
indiener” is verwijderd. Het argument daarbij was dat de informatie
<https://thehill.com/policy/healthcare/559953-deleted-genetic-data-fuels-further-debate-on-covid-19-origins>
verwijderd moest worden „om versie-verwarringen te voorkomen” aangezien
„de sequentie-informatie was vernieuwd, en zou worden gedeponeerd in een
andere databank”.

Bloom heeft gezocht in andere databanken, maar heeft niets meer kunnen
vinden. Een anonieme twitteraar meldde hem
<https://twitter.com/jbloom_lab/status/1407542297659514886> vorige week
bovendien dat ‘projectnummer PRNJA612766’ ook is verwijderd uit de China
National GeneBank (CNGB): dat gebeurde ergens tussen 19 juni en 23 juli
2020. Bloom mailde de Chinese onderzoekers drie weken geleden om te
vragen waarom zij hun data hadden verwijderd, maar hij kreeg geen antwoord.


    Individueel monster

Helemaal verdwenen zijn de data niet, er blijken in de NCBI-databank nog
wel sporen te vinden van de gewiste data. Zoeken op projectnummer of
experimentnummer, zoals Bloom deed, levert inderdaad geen resultaten
meer. Maar zoeken op het Biosample-nummer (het nummer van een
individueel monster) levert nog wel wat op. „Wow!”, reageert Bloom, als
hij daarmee geconfronteerd wordt, „Ik denk dat niemand dat eerder
ontdekt heeft, ikzelf ook niet! Ik ga hier wel verder mee zoeken.”

De informatie die nog vindbaar is met de Biosample-nummers is summier,
de cruciale genetische sequenties die erbij horen ontbreken. Opvallend
is dat de vermelding van twee monsters toch helemaal lijkt gewist. Al
dan niet toevallig zijn dat de oudste monsters in verzameling, daterend
van 15 januari 2020. Wat dat zou kunnen betekenen, is nog niet duidelijk.

-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://www.tuxtown.net/pipermail/d66/attachments/20210628/f6b745ec/attachment-0001.html>